مکانیک dna در برهمکنش های اختصاصی پروتئین-dna
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم پایه زنجان - دانشکده فیزیک
- نویسنده مهدی باقرپور هل آباد
- استاد راهنما داود نوروزی فرشید محمدرفیعی
- تعداد صفحات: ۱۵ صفحه ی اول
- سال انتشار 1392
چکیده
?پروتئین ها توالی های اختصاص ? dna?را نه تنها از طریق برهمکنش مستقیم بین آمینواسیدها و بازها،? ?بلکه به طور غیرمستقیم بر اساس ساختار و تغییرشکل پذیری بازهای ? dna?تشخیص می دهند(پردازش غیرمستقیم). تمرکز ما بر پاسخ مکانیکی? ?توالی های ? dna?به تنش های خارجی است. برای این? منظور ما با استفاده از شبیه سازی دینامی?ک ?مولکولی در سطح اتم و استفاده از داده های ?x-ray?? کریستالوگرافی ، چندین کمپلکس پروتئین?? ،dna?مانند کمپلکس اتصال به ? tata box?و کمپلکس? سرکوبگر لاکتوز?? dna?را شبیه سازی کرده ایم. این کمپلکس ها شامل ترکیب توالی های اختصاصی ?? dna?با پروتئین های اختصاصی آن توالی هاست. علاوه بر توالی اصلی توالی های جهش یافته برای? ?مقایسه شبیه سازی شده اند. همچنین با استفاده از داده های شبیه سازی دینامیک ?مولکولی ، خواص? ?وابسته به توالی بازهای ? dna?را مورد مطالعه قرار داده ایم. برای این منظور، پاسخ مکانیکی? در سطح? پارامترهای جفت بازی (کج ، گردش، پیچش، چین، ...) را برای همه سه نوکلئوتیدها/کودان ها آنالیز? کرده ایم. نتایج شبیه سازی نشان می دهد که همبستگی الاستی?ک ?قابل توجه بین همه جابه جایی های ?درون جفت بازی و بین جفت بازی وجود دارد. همچنین نشان داده ایم که همبستگی های همسایه نزدیک ?بعدی در بررس دینامیک ?بازهای ? dna?مهم می باشد. ما اعتقاد داریم که این همبستگی تاثیر مهمی بر ?برهمکنش های پروتئین?? dna?می گذارد. علاوه بر این، ما با استفاده از داده های شبیه سازی دینامیک ?مولکولی ، پاسخ غیرخطی بازهای ? dna?را نسبت به نیروهای خارج مطالعه کرده ایم.?
منابع مشابه
مطالعه برهمکنش کمپلکس های نیکل (II) دارای لیگاندهای آروماتیک مسطح با DNA غده تیموس
سه کمپلکس نیکل با فرمول های 2)3](NO2[Ni(en)، 2)3](NO2[Ni(phen)، 2)3](NO2[Ni(bpy)(به ترتیب a، b و...
متن کاملمطالعه برهمکنش ذرات نانو نقره با dna
چکیده: در سال های اخیر ساخت و استفاده از ذرات نانو نقره (snp) بسیار مورد توجه قرار گرفته است و کاربردهای زیادی در محصولات مصرفی، از ابزارهای پزشکی میکروب زدایی و کاربردهای خانگی گرفته تا تصفیه ی آب، پیدا کرده اند. چون مکانیسم حاکم بر رفتار مواد اولیه ای که در ساخت این ذرات نانو از آن ها استفاده شده برای موادی با مقیاس نانو کاربردی ندارد، نگرانی های زیادی در مورد صدمات احتمالی وارد بر محیط به خ...
15 صفحه اولبررسی برهمکنش دوکسوروبیسین با dna در غلظت های مختلف نمک
?دوکسوروبیسین به عنوان یک ترکیب دارویی ضد سرطان، سالهاست که در شیمی درمانی بسیاری از سرطان شایع از جمله سینه، ریه، خون و لنف به کار برده میشود. بنابراین بررسی چگونگی عملکرد و به کار گرفته شدن آن به عنوان دارو مثل تعیین? دوز مناسب اثرات جانبی استفاده از آن و چگونگی انتقال دارو به بافت سرطانی مورد نظر همواره مورد توجه بوده است. از?آنجایی که ? dna?و کروماتین به عنوان هدف اصلی دارو در سلول شناخته م...
15 صفحه اولشناسایی قطعات کروموزومی 1RS چاودار در جنس Aegilops با استفاده از نشانگر مولکولی اختصاصی DNA
چاودار به عنوان یک منبع ژنتیکی خارجی توسط اصلاح گرها به وفور در افزایش تنوع ژنتیکی گندم استفاده شده است، و کروموزوم 1R و بخصوص بازوی کوتاه آن 1RS به فراوانی به ژنوم گندم انتقال داده شده است. در مطالعات 1RS و انتخاب موثر از تکنیک‌های سیتوژنتیکی، بیوشیمیایی و نشانگرهای DNA استفاده میشود. در این مطالعه وجود قطعات کروموزومی چاودار در بعضی از گونه‌های خانواده گندمیان با استفاده از یک جفت آغازگر اخت...
متن کاملگذار اندرسون در شبکۀ DNA و اثرات محور DNA
مقدمه: مولکول DNA بهعلت داشتن خواص منحصربهفرد و بدیع میتواند در زمینههای تحقیقاتی مختلفی ازجمله نانوالکترونیک نوری[1] مورد استفاده قرار گیرد. امروزه، نانوساختارهای مبتنیبر DNA با کیفیت تشخیص مولکولی توسعه فراوانی یافتهاست اما بااینحال مفهوم نانوالکترونیک مولکولی مبتنیبر DNA موضوعی است که هنوز با چالشهایی روبهرو است و مطالعات فراوانی برروی آن در حال شکلگیری است. با این توصیف...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم پایه زنجان - دانشکده فیزیک
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023